وفضلا عن مكافحة الإرهاب، يواصل التحالف القتال ضد التنظميات الإرهابية كالقاعدة وداعش كإحدى أولويات عملياته العسكرية هناك.

وتجلى ذلك بعد أن شنت القوات الإماراتية حربا لا هوادة فيها ضد التنظيمات الإرهابية، ومنها تنظيم القاعدة الذي كان يسيطر على مناطق عدة في البلاد.

وقد تلقت التنظيمات الإرهابية ضربات موجعة أدت إلى تحييد قدراتها العسكرية التي كانت تشكل عاملا رئيسيا في عدم الاستقرار في اليمن.

وكانت البداية في عدن، مطلع عام 2016، بعد إعلان تأسيس الحزام الأمني لمحافظة عدن والمحافظات المجاورة.

إذ نجحت قوات الحزام الأمني، في شهر مارس، بدعم من القوات الإماراتية، في تطهير مديرية المنصورة التي كانت معقلاً لعناصر تنظيم القاعدة.

وفي أبريل من عام 2016، نفذت قوات النخبة الحضرمية بدعم وإشراف من القوات المسلحة الإماراتية، عملية نوعية تمكنت خلالها من طرد عناصر القاعدة من كامل مدينة المكلا، بعد أن قتلت وأسرت ما يزيد على 800 من مسلحي القاعدة.

واستمرت قوات التحالف وقوات الشرعية في إحراز تقدم كبير عبر تحرير المناطق من سيطرة القاعدة في العديد من المدن من محافظة أبين.

وفي مارس من عام 2017، تمكنت قوات الشرعية بمساندة القوات الإماراتية من تحرير محافظة شبوة بالكامل من تنظيم القاعدة، بعد إنهاء وجودها في آخر معقل لها في مديرية الصعيد.

وبذلك، لم يعد تنظيم  القاعدة يشكل تهديداً للعالم الخارجي، حيث يصارع الآن من أجل البقاء فقط وليس للتوسع والتهديد.

وتواصل قوات الشرعية والقوات الإماراتية عملياتها لمطاردة فلول التنظيمات الإرهابية ومن تبقى منها بهدف إنهاء وجودها بشكل نهائي.

ولقيت الجهود التي بذلها التحالف ترحيبا دوليا، خاصة من الولايات المتحدة الأميركية، التي ثمنت الدور الذي لعبته قوات التحالف وخاصة القوات المسلحة الإماراتية في مواجهة تهديد القاعدة، وداعش في اليمن.