واتهمت المحكمة المتهمين باختلاس تقارير، بعضها غاية في السرية، صادرة عن جهازي المخابرات العامة والحربية، والقوات المسلحة، وقطاع الأمن الوطني بوزارة الداخلية، وهيئة الرقابة الإدارية، بقصد تسليمها إلى "جهاز المخابرات القطري وقناة الجزيرة الفضائية القطرية، بقصد الإضرار بمركز مصر الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية"، بحسب قرار الاتهام.  

وتشمل قائمة المتهمين بالقضية التي ستنظرها محكمة جنايات القاهرة كل من الرئيس الأسبق محمد مرسي، ومدير مكتبه أحمد عبد العاطي، والسكرتير السابق له أمين الصيرفي، وأحمد علي عبده عفيفي (منتج أفلام وثائقية، وخالد رضوان (مدير إنتاج بقناة مصر 25 )، ومحمد كيلاني (مضيف جوي بشركة مصر للطيران للخطوط الجوية)، وأحمد إسماعيل (معيد بجامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا)، وكريمة أمين عبد الحميد أمين الصيرفي (طالبة)، وأسماء محمد الخطيب (هاربة- مراسلة بشبكة رصد الإعلامية)، وعلاء عمر سبلان (هارب- أردني الجنسية - معد برامج بقناة الجزيرة القطرية)، وإبراهيم هلال (هارب - رئيس قطاع الأخبار بقناة الجزيرة القطرية). 

وتوترت العلاقات بين قطر ومصر منذ منتصف 2013 عندما أعلن الجيش عزل مرسي المنتمي لجماعة الإخوان المسلمين، بعد احتجاجات شعبية على حكمه، وكانت الدوحة تدعم الجماعة ومرسي.

يشار إلى أن مرسي يحاكم بعدة قضايا أخرى، منها الهروب من سجن وادي النطرون، وإهانة قضاة، وقتل متظاهرين في أحداث قصر الاتحادية الرئاسي عام 2012.